海关非政策性退税流程如下：

一是纳税人向海关提交退税申请及相关资料；

二是海关核批同意后将退税资料递交到国库。涉及退还增值税的，海关还需向国税部门核实抵扣情况；

三是国库审核后办理退税。

新系统的变化：

(一)增值税抵扣情况核查实现线上办理、实时反馈。新系统下，海关受理后即可在系统上发起增值税抵扣情况核查并获得实时反馈，极大缩短了增值税抵扣核查时间。

(二)企业退税资料及海关核批意见线上送达国库，加速审批时效。新系统下，海关核批同意后，可通过联网系统实时将退税资料和海关核批意见流转至国库，极大缩短了退税资料送交国库时间。

(三)国库退税审批无纸化。新系统下，国库退税审核意见将实时反馈海关和企业。国库审核无误后即可向退税资料中提供的退税账户办理退税，实现海关退税全流程电子化，极大提高了退税效率。

需要注意：

录入退税申请纳税人申请退税可分为修改报关单退税、删除报关单退税和其他退税（退运）三种。

目前进口环节税查询功能仅支持查询进口环节增值税抵扣情况和办理退税信息。纳税人已做进项税转出的，若海关反馈进口环节税勾选在线确认查询结果显示“已抵扣”，仍可以向海关申请致函相关税务机构予以确认。此外，申请退还消费税的仍需致函相关税务机构核实消费税抵扣情况。